The Boxtrolls, Cheesebridge kasabasının underground sokaklarında yaşayan ve geceleri kasabalıların en sevdikleri şeyleri çalan Boxtroller adlı yaratıkların hikayesini anlatıyor. Ancak bu sadece kasabalıların inandığı bir efsanedir. Gerçekte, Boxtroller sevgi dolu bir topluluktur ve terk edilmiş bir yetim olan Eggs'i kendi çabalarıyla büyütmektedirler. Ancak, kötü kalpli bir imha edici Boxtrolleri yok etmeye karar verir ve Eggs, onları kurtarmak için cesurca dışarı çıkmak zorunda kalır. Bu sırada, maceraperest bir kızla birlikte Cheesebridge kasabasını da kurtarma görevine girişirler. The Boxtrolls, sevgi, aidiyet ve cesaretin önemini vurgulayan eğlenceli bir animasyon filmidir.