Aç gözlü Ticaret Federasyonunun Naboo'ya karşı giriştiği işgalin yenilgiyle sonuçlanmasının üzerinden 10 sene geçmiştir. İlk filmde 9 yaşında karşılaştığımız Anakin Skywalker artık 19 yaşındadır ve Obi Wan'ın gözetimi altında Jedi Eğitimini sürdürmektedir. Naboo Kraliçesi Padme Amidala ise, görevini halefi Jamillia'ya devretmiş ve bir senatör olarak Naboo'yu Galaktik Senatoda temsil etmeye başlamıştır. Bu sırada Galaksi yine büyük bir savaşın eşiğine gelmiştir. Jedi düzenini kendi isteğiyle terkeden eski Jedi Ustası Count Dooku, gizlice Darth Sidious'la çalışmaya başlayarak Ayrılıkçılar grubunun başına geçmiştir ve galakside huzursuzluk yaratmaktadır. Yüce Başkan Palpatine, kötü gidişe bir dur demek için bir klon ordusu hazırlama önerisini getirir ve Senatoda oylamaya sunar. Oylamaya katılmak üzere Coruscant'a gelen Senatör Amidala, bir suikast girişiminden kılpayı kurtulur. Bunun üzerine Palpatine, Obi Wan ve Anakin Skywalker'ı Amidala'yı korumakla görevlendirir.