Kaptan Harlock, insanlığın son umudu olan bir grubun lideridir. Gezegenler arasında devam eden bir savaşta, Dünya'nın kaynakları diğerlerinden çok daha değerlidir. Ancak Dünya, Gaia koalisyonunun kontrolü altında olduğu için insanlar geri dönememektedir. Kaptan Harlock, Arcadia gemisiyle birlikte Dünya'ya geri dönüp kaynakları geri almayı hedefler. Ancak Gaia'nın sırlarını ortaya çıkarmadan bunu başarmaları mümkün değildir. Kaptan Harlock ve ekibi, Gaia'nın gücünü sonlandırmak ve insanlığın geleceğini kurtarmak için tehlikeli bir maceraya atılırlar. "Space Pirate Captain Harlock", bilim kurgu ve aksiyon dolu bir film olarak izleyiciyi etkileyici bir evrene götürüyor.