İlki 1968 yılında çekilen "Maymunlar Cehennemi" serisinin şimdilik son filmi olan "Maymunlar Cehennemi: Başlangıç" kendinden önceki filmlere göre biraz farklı bir kurguyu barındırıyor. Ünlü bir firmada genetik mühendisi olarak çalışan Will Rodman babasını Alzheimer hastalığından kurtarmak için bir ilaç üzerinde çalışmaktadır. Bu ilaç teoride beyin aktivitelerini geliştirerek hastaları Alzheimer'dan kurtarmayı amaçlar. İlacı geliştirme aşamalarının birinde Parlak Göz adını verdikleri bir maymunda ilacın inanılmaz etkiler gösterdiğine şahit olurlar, ancak kötü giden bazı olaylar neticesinde bu çalışmaları başarısız olur ve Parlak Göz hayatını kaybeder. Her şeye bitti gözüyle bakılırken Parlak Göz'ün doğan yavrusu Sezar'ın mucizevi gelişimi, Will Rodman'ın önünde yeni bir yol açar. Başlangıcı parlak olan bu yol kat edildikçe Sezar gelişimini yolun sonundaki karanlık yönde tamamlar ve maymunlar ile insanlar arasındaki üstünlük kurma savaşı patlak verir. Kısacası; Maymunların devri başlar...