Raimund, bir Latince öğretmenidir ve monoton hayatıyla sıkışıp kalmıştır. Bir gün, nehre atlayacak olan bir kadını kurtarır ve kadın da onun hayatını kurtarır. Kadının binmesi gereken trene anlık bir kararla binecek olan Raimund, kendini Lizbon'da bulur ve kadının okuduğu kitabın yazarının izini sürer. Raimund, dedektif gibi davranarak parçaları birleştirir ve 1970'lerin faşist Salazar Lizbonu'nda geçmişe dair bir hikaye ortaya çıkarır. Lizbon'a Gece Treni, Pascal Mercier'in uluslararası çoksatan romanından uyarlanan bir film olup, ülkeler ve tarih arasında geçen polisiye bir yapbozun içinde yer alan romantik bir dramı anlatmaktadır.