Muppets from Space, meraklı ve farklı bir karakter olan Gonzo'nun geçmişi hakkındaki arayışını konu ediyor. Gonzo, atalarının uzaydan geldiğini öğrenir ve bunu kanıtlama amacıyla Bayan Piggy'nin programında açıklama yapar. Ancak paranoyak bir hükümet ajanı olan Edgar Singer tarafından takibe alınır. Gonzo, bu durumdan kurtulmanın iki yolunun olduğunu anlar: Atalarının bulunduğu gezegene gitmek veya sevdiği arkadaşlarıyla birlikte mücadele etmek. Bu komedi dolu film, Muppets ekibinin maceraları ve birbirleriyle olan bağları üzerinden eğlenceli bir hikaye sunuyor.