Miss Bala, bir cinayete tanıklık eden genç bir kadının yaşadıklarını konu ediyor. Gloria Meyer ailesinin ölümünün ardından kendini toparlamaya çalışan genç bir kadındır. Yas dönemindeki genç kadın kafasını boşaltabilmek için bir arkadaşıyla birlikte Los Angeles'tan Tijuana'ya bir yolculuk yapar. Rahatlatıcı bir tatil olması gereken bu yolculukta ikili bir cinayete tanıklık ederler. İkiliyi sessiz tutmak isteyen genç suç patronu, Gloria'nın arkadaşını kaçırır ve Gloria'yı da kendisi için çalışmaya zorlar. Ancak Gloria'nın radarına girdiği tek kişi suç patronu değildir. Uyuşturucuyla Mücadele Departmanı da Gloria'yı fark eder. Artık Gloria acımasız bir suç orginasyonunun içindeki bir köstebektir. CIA, DEA ve tehlikeli suç patronu Lino arasında süren bu kedi-fare oyununun ortasında kalan genç kadın, sınır ötesi suçun tehlikeli dünyasına çekildiği zaman, sahip olduğunu bilmediği bir güç bulur. Artık hayatta kalmak için tüm kurnazlığını, yaratıcılığını ve gücünü kullanması gerekecektir.