Meg 2: Çukur, devasa Meg'lere ve amansız çevre yağmacılarına karşı mücadele eden bir araştırma ekibinin hikayesini konu alıyor. Kötü niyetli bir maden operasyonu sebebi ile görevleri tehdit edilen ve zora giren ekibin yolculukları kaosa sürüklenir. Hayatta kalmak için yüksek riskli bir savaşın içine giren araştırma ekibi, zamana karşı nabız gibi atan bir yarışta acımasız yırtıcıları zekâlarıyla alt etmeye ve onları geride bırakmaya çalışır.