Mary Magdalene, Hz. İsa'nın ölümünden sonra dirildiğini iddia eden ve onu ilk gören kişi olan Mecdelli Meryem'in hikayesini anlatıyor. Film, Yeni Ahit'teki anlatılara dayanarak Meryem'in hayatını ve Hz. İsa ile olan ilişkisini ele alır. Bazı kaynaklara göre, Meryem, Hz. İsa tarafından günahlarının affedildiği bir kadındır. Diğer bir inanca göre ise Meryem, seks işçiliği suçundan dolayı taşlanırken Hz. İsa tarafından kurtarılan ve doğru yola yönlendirilen bir kadındır. Mary Magdalene, bu farklı perspektifler arasında giderek Meryem'in gerçek hikayesini arayışını aktarıyor. Film, Meryem'in dini liderler tarafından dışlanması, toplumun beklentileriyle mücadelesi ve Hz. İsa'nın öğretilerini yayma misyonuna olan bağlılığı gibi temaları ele alırken, aynı zamanda bir kadının gücünü ve özgürlüğünü keşfetme yolculuğunu da gösteriyor. Mary Magdalene, dini ve tarihi bir figürün kadının perspektifinden anlatılan güçlü bir hikaye sunuyor.