Magellan, NASA'nın güneş sistemimizden gelen sıra dışı üçlü bir sinyali keşfetmesi üzerine görevlendirdiği astronot Roger Nelson'un hikayesini anlatıyor. Roger, uzun soluklu bir tek kişilik uzay görevine Magellan adlı uzay aracıyla gönderilir. Amacı, bu gizemli sinyalin kaynağını keşfetmektir. Magellan'da geçen film, izleyiciyi derin uzayın keşfedilmemiş köşelerine götürürken, Roger'ın karşılaştığı zorlukları ve iç dünyasındaki değişimi de ele alıyor. Roger, yalnızlıkla başa çıkmanın yanı sıra, sıradışı olaylar ve görüntülerle karşılaşır ve gerçeklikle hayal arasındaki ince çizgide sıkışıp kalır. Bu sıra dışı yolculuk, izleyiciyi görsel bir şölene davet ederken aynı zamanda insanın evrene olan merakının ve keşfetme arzusunun sonsuzluğunu da hatırlatıyor. Magellan, formu ve içeriğiyle sıra dışı bir bilim kurgu deneyimi sunarken, astronot Roger Nelson'un unutulmaz yolculuğuna eşlik ediyor.