New York Central Park hayvanat bahçesindeki şehrin ormanının kralı hiç kuşkusuz Alex adlı aslandır. En iyi arkadaşları Zebra Marty, Zürafa Melman ve Su Aygırı Gloria ile birlikte mutlu mesut bir yaşamları bulunmaktadır. Gerçi hayvanat bahçesinin eşsiz manzarası içinde esaret altındadırlar fakat en azından lezzetli yemekler yedikleri için bu durumu görmezden gelirler. Dört kafadar içinde en meraklısı Zebra Marty´dir. Hayvanat bahçesi dışında nasıl bir dünya olduğunu; neleri kaçırdığını merak etmektedir. Günün birinde merakına yenik düşer ve penguenlerin sayesinde hayvanat bahçesinden firar eder. Esas niyeti sabah olmadan geri dönmektir. Alex, Melman ve Gloria onun kaçtığını fakat geceyarısı fark ederler. Arkadaşları için endişe içindedirler. Böyle bir durum karşısında yapılabilecek tek hareketin hayvanat bahçesinin dışına çıkmak ve Marty´i bulup geri getirmek olduğuna karar verirler. New York gibi büyük bir metropolün caddelerinde bir aslan, bir zürafa ve bir su aygırının dolaşması, metroya binip yolculuk yapması dikkati çekmeyecek gibi değildir. Sonunda Marty´i Grand Central tren garında bulmayı başarırlar. Fakat hayvanat bahçesi yönüne giden son treni kaçırınca birtakım esrarengiz kişilerin eline geçerler. Yakalanıp kafeslere kapatılan dört kahramanımız soluğu Afrika´ya giden bir gemide alırlar. Onlar için bilinmeyene yolculuk başlamıştır. Üçkağıtçı penguenlerin gemiye sabotoj yaparak batırmasının ardından Alex, Marty, Melman ve Gloria kendilerini egzotik ada Madagaskar sahillerinde bulur. New York´ta doğup büyümüş kahramanlarımız için bundan sonra vahşi ortamda hayatta kalma mücadelesi başlamıştır. Bundan sonrasında "ormanda yaşamak" deyiminin gerçek anlamını tüm çıplaklığıyla keşfedeceklerdir.