Kleks Akademisi, görünüşte sıradan bir kızın, hayal gücü ve yaratıcılık dünyasını keşfetmek için bir akademiye katılmasını konu alıyor. Burada, peri masalları ve sıradışı yetenekleri olan öğrencilerle karşılaşır. Çılgın bir öğretmenin rehberliğinde kendini geliştirirken, aynı zamanda ailesinin en büyük sırrını açığa çıkaracak ipuçlarını da bulur. Mucizevi yetenekleriyle, fantastik dünyaları keşfederken bir yandan da kendi gerçek kimliğini bulmaya çalışan genç kızın hikayesini izliyoruz. Spoiler vermemeye özen gösterdik.