Josee to Tora to Sakana-tachi, Tsuneo isimli üniversite öğrencisinin hayatını anlatıyor. Bir gün, Tsuneo hayalperest bir genç kız olan Josee ile tanışır. Josee, bir kaza sonucu tekerlekli sandalyeye mahkum olmuştur ve hayatını odağındaki kitaplara sığınarak geçirmektedir. Tsuneo ise, Josee'ye hayatın güzelliklerini ve özgürlüğün tadını öğretmeye kararlıdır. İkisi arasında beklenmedik bir dostluk ve romantik bir ilişki gelişirken, birlikte dünyayı keşfetme fırsatı bulurlar. Ancak hayat, onları zorlu sınavlara tabi tutacak ve gerçeklerle yüzleşmelerini gerektirecektir. Josee to Tora to Sakana-tachi, umut dolu bir aşk hikayesini anlatırken, hayallerin ve özgürlüğün gücünü araştırıyor.