Jojo Rabbit, Adolf Hitler'in ordusunda olan bir çocuk olan Jojo Betzler'in hikayesini anlatıyor. Jojo, annesinin evinde gizlice bir Yahudi kızı sakladığını öğrenir ve bu durum onun düşüncelerinde büyük bir çatışma yaratır. Hayali arkadaşı Adolf Hitler'in tavsiyelerini takip etmeye çalışan Jojo, zamanla evlerine sığınan kızın da bir insan olduğunu fark eder. Hayali Hitler'in gerçek versiyonundan farklı olan bu karakter, Jojo'ya farklı bir perspektif sunar. Jojo, büyüyen faşist rejime karşı gelmek için mücadele etmek zorunda kalırken, kızla olan ilişkisi onun düşüncelerini sorgulamasına ve değiştirmesine yardımcı olur. Taşlayıcı bir mizah anlatısıyla, Jojo Rabbit ırkçılıkla mücadele etmeye cesaret eden bir çocuğun öyküsünü anlatır.