Jimmy Neutron: Boy Genius, dahi çocuk Jimmy'nin hikayesini anlatıyor. Jimmy, Retroville kasabasında yaşayan zeki bir çocuktur ve uzaylılarla iletişim kurabilmek için çalışmalar yapmaktadır. Bir gece, uzaylılar kasabaya gelerek tüm anne babaları kaçırır. Uzaylıların amacı, kaçırdıkları anne babaları kurban etmektir. Jimmy, robot köpeği Goddard ve arkadaşı Carl ile birlikte hemen harekete geçer. Teker teker diğer çocukları da yanlarına alarak uzaylılarla mücadele etmeye başlarlar. Uzaylılarla büyük bir mücadeleye girişen Jimmy ve arkadaşları, büyük bir maceraya atılırken, aynı zamanda kasabalıların anne babalarını kurtarmak için ellerinden geleni yaparlar. Heyecan dolu macera, izleyicilere keyifli anlar yaşatırken, Jimmy'nin de dahi zekasıyla herkesi etkilemeyi başardığı bir hikaye olarak karşımıza çıkıyor.