Invisible Eli, 17 yaşında bir genç kızın hikayesini konu alıyor. Eli, okuldan sonra bir evcil hayvan dükkanında çalışmaktadır. Ancak bir gün hamile olduğunu öğrenir. Bu haberle birlikte hayatı altüst olan genç kız, korku ve üzüntü içinde bir karar verme sürecine girer. Ne yaparsa yapsın geri dönüşü olmayacağının farkındadır. Film, Eli'nin içsel çatışmalarını ve karar verme sürecini ele alırken, genç bir kızın zorlu bir dönüşümle nasıl başa çıkmaya çalıştığını gözler önüne seriyor. Ely'nin kendi içindeki görünmez mücadelesi, izleyiciyi derinden etkileyecek ve düşündürecek bir hikaye sunuyor.