Oldukça zor bir sene atlatan Harry Potter Hogwarts'daki 2. yılına büyük bir sevinçle başlar. Fakat okulda sırasıyla taşlaşan öğrenciler yüzünden günah keçisi olmuştur. Aslında yaz tatilinde kendisine görünen cin Dobby'nin yaptıkları ve söyledikleri onu etkilemiştir. Çünkü Dobby, Harry Potter'ın büyük bir tehlike ile karşı karşıya kaldığını söylemiştir. Dobby Harry ve arkadaşı Ron'un Okul trenine binmesini bile engellemiştir. Harry Quidditch takımının değişmez arayıcısı olmuştur. Zaman ilerledikçe en yakın arkadaşlarından olan Hermione'nin taşlaşması ve Ron'un kızkardeşi Ginny'nin kaçırılması onu tuvalet hayaleti Mızmız Myrtle'a yönlendirmiştir. Fakat bundan önce Harry'nin eline geçen bir gizemli günlük olayların büyümesine yol açtı. Günlüğün sahibiyle günlükte esrarengiz konuşmalara imza atan Harry, kendisini Hagrid'in yıllar önce açmış olduğu sanılan Sırlar Odasında bulur. Sırlar Odasını son açan Tom Marvolo Riddle ismiyle okul kayıtlarına geçen Lord Voldemorttur. Basiliskle düello sonucu Harry, Ankakuşu yardımıyla sırlar odasından Ginny ile beraber çıkar, Gilderoy Lockhart'ın hafızasını kaybetmesi nedeniyle okulda Karanlık Sanatlara Karşı Savunma dersleri iptal edilir. Dönem Gryffindor binasının galibiyetiyle sona erer.