Film, bir dönem Blefuscu ordularına karşı destek olduğu Lilliput Krallığı'nın yardım çağrısıyla adaya geri dönen Gulliver ile halkın yaşadığı zorluklarla mücadelesini konu ediniyor. Gulliver, yardımını isteyen Lilliput halkından acil bir mektup alır. Adada dikkat çekici değişikliklerin meydana geldiğini gören Gulliver ve arkadaşları, kendilerini olağanüstü olaylar kasırgasının içinde bulurlar. Bu yeni macerada kurnaz düşmanlar ve zorlu kovalamacalarla karşılaşırlar.