Önceki Godzilla saldırısından sonra hücrelerini toplamak için minyatür bir silahlanma yarışı başlar. Godzilla'nın olası dönüşünden endişe duyan Japon hükümeti, hücreleri yeni bir biyolojik silah olan ANEB (Anti-Nükleer Enerji Bakterileri) yaratmak için kullanır. Deneyleri yeni bir mutasyonla sonuçlanan genetikçi Genshiro Shiragami'den yardım istiyorlar.