Ayı Kardeşler: Eyvah Ayılar Küçüldü!, icat ettikleri cihazı denerken küçülen Ayı Kardeşler ve Oduncu Vik’in atıldığı maceraları konu ediyor. Ayı Kardeşler ve Oduncu Vik, müthiş bir icada imza atar. Küçültme cihazı icat eden ekip heyecanla icatlarını denemeye çalışır. Ancak denerken yaptıkları yanlışlık kendilerini küçültmelerine neden olur. Onlarca kat küçülen Ayı Kardeşler ve Oduncu Vik bir an önce eski hallerine gelmenin yolunu arar. Bir yandan orijinal boyutlarına dönmeye çalışan ekip bir yandan da ekosisteme zarar veren kirliliği durdurmaya çalışır. Bunun için minik halleri ile bilmedikleri bir dünyada yolculuğa çıkmaları gerekmektedir. Ekip, ekosisteme zarar veren kirliliği durdurup eski hallerine geri dönmeyi başarabilecekler midir?