Battle for Skyark, yakın bir gelecekte geçen ve insanların yerine geçen gizemli yaratıkların hüküm sürdüğü bir dünyada yaşanan maceraları konu ediyor. Dünya tehlikeli ve terk edilmiş bir hale gelmiştir ve insanlar SkyArk adında bir gökyüzü şehrine sığınmışlardır. Ancak, yer sıkıntısı nedeniyle sadece zengin ve güçlüler orada kalabilmektedir. Fakir ve kimsesizler ise geriye dünyaya gönderilmiştir. Hikayenin merkezinde, hain olduğu gerekçesiyle öldürülen eski kumandanın oğlu Rags yer almaktadır. Rags, efsaneye göre, eski dünyanın kalıntılarındaki savaşı kazanarak hem sürgündekilere hem de SkyArk'a barışı geri getirecektir.