American Ninja, dövüş sanatları konusunda oldukça yetenekli olan asker Joe Armstrong'un hikayesini anlatıyor. Filipinler'de Amerikan ordusunda görevli olan Joe, bir gün bir grup saldırganın birliğine saldırması sonucu albayın kızı Patricia'yı kaçırılırken bulur. Joe, kızı kurtarmak için cesurca harekete geçer ve birlikteki herkesi kurtarır, fakat saldırganlar geride intikam planlarıyla kaldırırlar. Saldırganların lideri, Joe'ya karşı bir Ninja ordusu göndererek onu öldürmeye ve kızı geri almaya çalışır. Joe, bu durumla baş etmeye ve kendini ve sevdiklerini korumak için dövüş sanatlarındaki yeteneklerini kullanmak zorunda kalır. Aksiyon dolu sahnelerle dolu bu film, ninjaların gizemli dünyasına bir yolculuk sunuyor.