Alice Kingsleigh (Mia Wasikowska) babasının peşinden 3 sene denizlerde seyahat ettikten sonra Londra'ya dönmek üzere yola koyulur. Hayatının geri kalanında ne yapacağı konusunda bir fikri bulunmamaktadır. Bu esnada bulduğu bir sihirli ayna marifeyitle tekrar Harikalar Diyarı'na döner. Alice eski arkadaşlarıyla yeniden buluşur, fakat Çılgın Şapkacı'da (Johnny Depp) bir tuhaflık bulunmaktadır. Her zamankinden daha asabi bir haldedir. Arkadaşını yeniden eski haline getirebilmek için geçmişe giden Alice, zamana karşı büyük bir mücadele verecektir.